El primer paso crítico de la llegada de BepiColombo a Mercurio tendrá lugar el 3 de septiembre. En la misión conjunta de ESA y JAXA, el módulo de transporte MTM se separará de la Órbita Planetaria de Mercurio (MPO) y la Órbita de Magnetósfera (Mio). Esta separación se realizará a unos 63 millones de kilómetros, después de ocho años de viaje.
La operación se llevará a cabo bajo la intensa radiación del Sol, que es aproximadamente diez veces más fuerte que la que recibe la Tierra, y con temperaturas superiores a 450 °C. Ignacio Tanco, jefe de operaciones del sistema solar de ESA, indicó que el sistema de propulsión del MPO nunca había sido probado en condiciones de vuelo. Se define la llegada a la misión no como un solo evento, sino como una serie de operaciones de alto riesgo que se extenderán durante varios meses.
Las dos naves científicas separadas continuarán su viaje usando los propulsores del MPO, con el objetivo de entrar en órbita alrededor de Mercurio en noviembre. En diciembre, las naves se separarán definitivamente; el MPO alcanzará su órbita final en marzo de 2027 y comenzará las observaciones científicas en abril. Los equipos de ESA y JAXA subrayan que cuentan con la capacidad de reacción ante posibles desviaciones.