En 1965, la excavación para un aparcamiento subterráneo en la plaza frente a la catedral de Notre-Dame condujo a un hallazgo histórico mucho más profundo de lo previsto.
Los trabajos de excavación se prolongaron hasta principios de la década de 1970 y sacaron a la luz sistemas portuarios de época romana, viviendas con hipocausto, murallas del Bajo Imperio, termas, pozos y cimientos de casas medievales, así como los cimientos del edificio de la fundación Hospice des Enfants-Trouvés del siglo XVIII.
Gracias a la iniciativa del arqueólogo Michel Fleury, el proyecto del aparcamiento se modificó y se creó bajo tierra el Museo Arqueológico de la Cripta, finalizado en 1974 y abierto al público en 1980.