Algunos modelos de motor de la Toyota Tundra han sido señalados por los propietarios como problemáticos. En los modelos con motor 4.7L V8 (2005-2008), se han reportado problemas que requieren reparaciones costosas de miles de dólares debido a fallas en la bomba de aire secundaria. Este problema no ha sido incluido en una campaña de retiro por parte de Toyota y tampoco está cubierto por la garantía extendida.
En los modelos con motor 5.7L V8 (2010-2012), además de los problemas continuos con la bomba de aire, se han reportado apagados repentinos del motor que requieren el reemplazo de la ECU, así como fugas en la torre de la cámara y el cabezal del cilindro que causan un rápido consumo de aceite del motor. Estos problemas pueden ser tan graves que requieren el reemplazo completo del motor, con costos de reparación que pueden llegar hasta los 10.000 dólares.
En los modelos con motor 3.4L i-FORCE V6 (2022-2024), partículas restantes en el motor debido a un defecto de fabricación pueden causar fallas en los asientos principales. Aunque Toyota ha iniciado una campaña de retiro para este problema, algunos motores aún se reportan como problemáticos. Además, se han informado fallas en los turbocompresores y fallas totales del motor.