Makoto Kimura'un BLUE RIGHTS anime planlama şirketi, Cuma günü Kinema Citrus'un orijinal anime projesi Ninja Skooler için pilot film ve görselleri sundu. Şirket, Takashi Iwimi tarafından yazılı ve okunmuş 'Knots' adlı şarkıyı da dijital olarak yayınladı.
Hikaye, Rappa isminin tanıttığı kurguvi ninja'ları seven bir yatimeden başlar; karanlık bir gece, tavanından düşerek gerçek bir ninja Okachimachi ve öğretmenini kurtar. Rappa, öğretmen olma isteğini bildirip üçünün birlikte yaşamaya başladığı, yıllar sonra Rappa'nın koruyucu bir ninja olma eğitimine başladığı ve yetişkinler tarafından toplanan geleneksel çikolata dükkanında aile ve arkadaşlarla gülerek geçirdikleri anlar anlatılıyor.
Ancak Rappa bu günlerin sonsuz olacağını düşünürken, öğretmenin gizlediği ağrının izlerini görür.