Oyun, Mario'nun 3D platforming maceralarının bir parçası olarak dikkat çekiyor. Isle Delfino adındaki bir adada geçen oyun, Mario'nun yeni bir macerasını konu alıyor.

Oyunun hikayesi, Mario'nun Isle Delfino'ya gitmesini ve adayı temizlemesini konu alıyor. Oyunun mekanikleri, Mario 64'ten tanıdık gelen mekaniklerle birlikte yeni özellikler de sunuyor.

Örneğin, FLUDD adındaki bir cihaz, Mario'ya su püskürtme ve havada uçma yeteneği veriyor.