Atari TOS, 16-bit döneminin önemli işletim sistemlerinden biriydi. Şimdi, EmuTOS adlı açık kaynak bir işletim sistemi, Sega Mega CD konsolunda çalıştırıldı.

Bu proje, konsola serial klavye, yazıcı ve ses desteği ekler. Ayrıca, CD veya kartuştan boot ettikten sonra RAM disk, dahili yedekleme RAM ve kartuş kaydetme RAM'a erişim sağlar.

GEOS yazılım paketinin de platforma taşınması planlanıyor. Ancak, henüz görüntüler mevcut değil, dolayısıyla çalışır durumda olup olmadığı bilinmiyor.