Toyota Prius Prime, 2025 yılında 56.488 adet satış yaparak popülerliğini kanıtlamış olsa da, kullanıcılar tarafından rapor edilen bazı yaygın sorunlar var. Bunlardan biri, klima kullanımı sırasında menzilin %15-25 düşmesi. Bu, Prius'un en büyük satış noktalarından biri olan yakıt verimliliğini etkileyebilir.

Prius Prime'in EV modunda yavaş olması da bir diğer sorun. Plug-in sistemi, aracın ağırlığını artırır ve EV modunda 60 mph hızına 11.7 saniyede ulaşır. Bu, günlük kullanımda hissedilebilir bir yavaşlamaya neden olabilir.

Ek olarak, merkez ekranın kararması ve katalitik dönüştürücü çaldırımı da yaygın sorunlar. Ekran sorunu, devre kartı bağlantı problemlerinden kaynaklanır ve onarımı oldukça pahalıdır. Katalitik dönüştürücü çaldırımı ise, Prius'un hafif ağırlığı nedeniyle daha kolay bir hedef olmasına bağlıdır.