エルニーニョは2026年、太平洋の海洋生態系に影響を与え始めた。赤道付近でフィトプランクトンの濃度が減少していることが確認されている。これは食物連鎖の下層に影響を与え、魚類、海鳥、哺乳類の餌の供給を減らしている。

エルニーニョの期間中、赤道付近の貿易風が弱まり、暖かい水の層が深くなる。これにより、冷たく栄養豊富な水が表面に上がるのを阻み、フィトプランクトンの成長を抑制している。ペルーのアンコウ漁業もこの影響で2026年に停止された。

NASAのPACE衛星はエルニーニョの影響をよりよく理解するために使用されている。衛星のデータは、フィトプランクトンの集団がエルニーニョにどのように反応するかを測定するために使用される。また、エルニーニョが陸上の植物や大気中の雲、エアロゾルに与える影響も調査されている。