Nature Genetics誌に掲載された新研究は、LMS機能遺伝子制御グループのリーダーであるDr. Mikhail Spivakovらが実施。研究チームは、希少な免疫細胞ILC3のDNAの3次元折りたたみを調べるため、mini-Capture Hi-Cという新技術を開発した。この方法は、従来のCapture Hi-C法が必要とする数百万の細胞を、数千の細胞で代替した。

ILC3細胞の核内でDNAの3D構造をマッピングした結果、エンハンサー領域と遺伝子間の物理的相互作用が観察された。これらのループは、クローン病リスクと関連する遺伝的変異がどの遺伝子に影響を与えるかを示している。研究者らは、ILC3細胞でクローン病リスクを高めるエンハンサー変異に影響を受ける可能性のある100以上の遺伝子を特定。このうち半分は以前からクローン病と関連付けられていたが、残りの半分はこの疾患との関連が新たに明らかになった。

この新発見には、神経変性バッテン病と関連するCLN3遺伝子も含まれる。CLN3がILC3細胞で活性化していることは、この遺伝子が免疫システムでのこれまで知られていなかった役割を示している。検証実験では、CLN3がILC3細胞での炎症性分子の生産を直接影響することを確認した。