Los desarrolladores de GNOME OS han iniciado el proyecto Toolpak tras señalar que Flatpak, que funciona bien para aplicaciones de escritorio, resulta insuficiente para herramientas de desarrollo. El nuevo formato tiene como objetivo que estas herramientas operen de forma independiente del sistema anfitrión y "listas para usar" sin necesidad de un sandbox. Toolpak empleará imágenes de disco detectables UAPL3 y concederá a las herramientas acceso completo y arbitrario al sistema, mientras que las aplicaciones adecuadas para Flatpak permanecerán fuera del ámbito de Toolpak.