GNOME OSの開発者らは、デスクトップアプリケーションではうまく機能するFlatpakが開発ツールでは不十分であるとして、ツールをホストシステムから独立させ、サンドボックスを必要とせず「out-of-the-box」で動作させることを目的としたToolpakプロジェクトを開始した。新形式はUAPL3検出可能なディスクイメージを使用し、ツールにシステムへの完全かつ任意のアクセス権を与える一方、Flatpakに適したアプリケーションはToolpakの対象外とする。