The Legend of Zelda: Ocarina of Time, lanzado en 1998 para Nintendo 64, marcó el primer gran experiencia en 3D de la serie. No solo introdujo el sistema Z-targeting, sino que también ofreció dos Hyrule distintos a través del cambio entre Link niño y Link adulto.
El juego unió la fórmula de 'dos mundos' vista en títulos previos (como A Link to the Past o Twilight Princess), pero le otorgó especial importancia al mecanismo de viaje en el tiempo. Inicialmente, Shigeru Miyamoto planeó un proyecto centrado en el Castillo de Ganon e incluso en primera persona, pero a medida que se descubrieron las capacidades del Nintendo 64, la visión se expandió a un mundo abierto, el caballo Epona y la cámara en tercera persona; estas decisiones técnicas realzaron el crecimiento físico de Link y la transformación visual de Hyrule.