Toyota Tundra'nın bazı motor modelleri, sahipler tarafından sorunlu olarak işaretleniyor. 2005-2008 4.7L V8 motorlu modellerde, ikincil hava pompasının arızalanması nedeniyle binlerce dolarlık onarım gerektiren sorunlar rapor edilmiştir. Bu sorun, Toyota tarafından geri çağırma kampanyası kapsamına alınmamış ve genişletilmiş garanti ile de kapsam dışı bırakılmıştır.

2010-2012 5.7L V8 motorlu modellerde, hava pompası sorunları devam etmenin yanı sıra, ECU değiştirme gerektiren ani motor kapatmaları ve cam kulesi ile silindir başlığı sızıntıları nedeniyle motor yağının hızlı tüketimi gibi sorunlar da rapor edilmiştir. Bu sorunlar, motorun tamamen değiştirilmesini gerektirecek kadar ciddi olabilir ve onarım maliyeti 10.000 dolara kadar çıkabilir.

2022-2024 3.4L i-FORCE V6 motorlu modellerde, üretim hatası nedeniyle motor içinde kalan parçacıklar, ana yuvaların arızalanmasına neden olabilir. Toyota, bu sorun için geri çağırma kampanyası başlatmış olsa da, bazı motorlar hala sorunlu olarak rapor edilmektedir. Ayrıca, turboşarjların arızalanması ve tam motor arızaları da bildirilmiştir.